הרבי מאפטא היה נצר למשפחות רבניות מפורסמות מצד שני הוריו, ואביו, הרב שמואל, שכיהן כראב"ד ניישטאט, היה מחשובי רבני פולין. עוד בילדותו הפגין יכולות מבטיחות, וכבר בצעירותו נודע כבקי גדול בתלמוד ופוסקים בדרכי עבודת ה' ופנימיות התורה השתלם אצל הרבי רבי אלימלך מליז'נסק